Antes da extinção das ordens religiosas (1834) existiam no convento várias dependências destinadas à preparação e armazenamento dos medicamentos. Alguns dos instrumentos e utensílios utilizados estão aqui expostos.
No século XVIII,  os medicamentos eram preparados a partir de ervas e raízes provenientes da horta conventual. Abóbora, erva doce, hortelã, sementes de melão, vinagre, cera, resina, açúcar e mel eram pesados e moídos nos almofarizes pelo frade-boticário e guardados em mangas e boiões de cerâmica.
Na cozinha da enfermaria e no convento usava-se louça de faiança branca vidrada com a inscrição MAFRA.

Botica
Botica

Instrumentos de Botica
Instrumentos de Botica

Armário de Botica
Armário de Botica

Louça
Louça  de Faiança Branca com inscrição MAFRA